Linux系统中，主目录（Home Directory）指的是每个用户的个人文件夹，通常以用户名命名，用来存放该用户的个人文件和设置。每个用户在登录系统后，会默认打开自己的主目录。

而根目录（Root Directory）则是整个文件系统的最顶层目录，用来存放所有其他文件和目录。在Linux系统中，根目录用“/”表示，所有其他目录和文件都位于根目录下。根目录是整个文件系统的起点，所有的文件和目录都是在根目录下的一个分支中。