要在Linux系统中使用sftp上传整个目录，可以使用以下步骤：

打开终端并输入以下命令连接到远程服务器：

sftp username@remotehost

其中，username是您在远程服务器上的用户名，remotehost是远程服务器的主机名或IP地址。

输入密码以登录到远程服务器。

使用以下命令将整个目录上传到远程服务器：

put -r local_directory remote_directory

其中，local_directory是要上传的本地目录的路径，remote_directory是要将目录上传到远程服务器的路径。

等待上传完成后，您可以使用exit命令退出sftp会话。

这样，您就成功地使用sftp上传整个目录到远程服务器了。