可以尝试以下几种方法清除Spring Boot中Tomcat的缓存：

清除Tomcat的临时文件夹：Tomcat在运行过程中会生成一些临时文件，可以尝试手动清除这些文件来清除缓存。在Tomcat的安装目录下找到临时文件夹（通常是在/work/Catalina/localhost/目录下），然后手动删除其中的文件。

清除Tomcat的日志文件：Tomcat的日志文件可能会占据较大的磁盘空间，可以尝试清除这些日志文件来释放空间。

重启Tomcat服务器：重启Tomcat服务器可以清除其缓存，使其重新加载应用程序并清空缓存。

修改Tomcat的配置文件：可以尝试修改Tomcat的配置文件，如server.xml文件中的cachingAllowed属性来控制缓存的行为。

使用Spring Boot Actuator进行动态刷新：可以使用Spring Boot Actuator提供的端点来动态刷新Tomcat的缓存。通过访问/actuator/refresh端点可以强制Spring Boot应用程序重新加载配置和清除缓存。

需要注意的是，清除Tomcat缓存可能会导致一些性能损失或者应用程序重启，建议在非生产环境下进行操作。