云服务器连接应用程序的主要方式有以下几种：

1. 远程桌面连接：使用远程桌面协议（如RDP，VNC等）连接到云服务器，在服务器上操作应用程序。这种方式适用于图形化界面的应用程序。

2. SSH连接：使用SSH协议连接到云服务器，通过命令行界面操作应用程序。这种方式适用于命令行界面的应用程序，如数据库管理工具、终端等。

3. FTP或SCP：使用FTP或SCP等文件传输协议，将应用程序文件上传到云服务器，然后在服务器上执行应用程序。这种方式适用于需要将本地开发环境中的应用程序迁移到云服务器上运行的情况。

4. API调用：当云服务器上运行的应用程序提供了API接口时，可以通过API调用与之交互。这种方式适用于需要与云服务器上的应用程序进行数据交互的情况。

根据具体的应用程序和需求，选择合适的连接方式来连接云服务器上的应用程序。