以下是一些通过命令行工具增强Linux服务器安全的最佳实践：

使用防火墙：使用工具如iptables或ufw来配置和管理防火墙规则。通过限制入站和出站流量，可以阻止未经授权的访问。

更新软件包：定期更新服务器上的软件包，包括操作系统和应用程序，以修复安全漏洞和错误。

安装和配置入侵检测系统（IDS）：IDS可以监控服务器上的网络流量和系统日志，以检测潜在的入侵尝试。

使用强密码和多因素身份验证：确保所有用户帐户都使用强密码，并启用多因素身份验证，以增加登录安全性。

定期备份数据：定期备份服务器上的重要数据，并将备份存储在安全的位置。这样，在数据丢失或服务器遭受攻击时，可以恢复数据。

安装和配置入侵防御系统（IPS）：IPS可以检测和阻止恶意网络流量，提供实时保护。

定期审计日志：定期审计服务器上的日志文件，以监测异常活动并及时采取措施。

禁用不必要的服务：仅启用服务器上必要的服务，禁用不需要的服务，以减少攻击面。

使用安全协议和加密：配置服务器上的服务使用安全协议（如HTTPS）和加密，以保护数据的传输和存储。

限制用户权限：根据需要和职责，给予用户适当的权限，并限制对服务器的访问。

请注意，这些最佳实践只是一些基本的安全措施。根据具体情况，可能还需要其他安全措施来提高服务器的安全性。