在MySQL服务器运行时使用了–skip-grant-tables选项，意味着跳过了用户验证的步骤，任何人都可以访问数据库。这种情况下，可以按照以下步骤来解决问题：

停止MySQL服务器：使用适当的命令停止MySQL服务器，具体命令取决于你使用的操作系统和安装方式。例如，在Ubuntu上可以使用以下命令：

sudo service mysql stop

以安全模式启动MySQL服务器：启动MySQL服务器，并使用–skip-grant-tables选项，但是添加–skip-networking选项，以确保只有本地连接可以访问。例如，在Ubuntu上可以使用以下命令：

sudo mysqld_safe --skip-grant-tables --skip-networking &

连接到MySQL服务器：打开一个新的终端窗口，并使用以下命令连接到MySQL服务器：

mysql -u root

更新用户权限：连接到MySQL服务器后，执行以下命令来更新用户权限：

UPDATE mysql.user SET authentication_string=PASSWORD('your_password') WHERE User='root';

将’your_password’替换为你想要设置的新密码。

刷新用户权限：执行以下命令刷新用户权限：

FLUSH PRIVILEGES;

退出MySQL服务器：退出MySQL服务器会话，执行以下命令：

quit

重新启动MySQL服务器：使用适当的命令重新启动MySQL服务器，例如，在Ubuntu上可以使用以下命令：

sudo service mysql start

现在，MySQL服务器将以正常模式运行，并且新的密码将生效。请确保在解决问题后及时删除或禁用–skip-grant-tables选项，以保护你的数据的安全性。