要通过命令行保护Linux服务器，可以采取以下措施：

更新系统：及时更新操作系统和软件包是保护服务器的基本步骤。使用包管理器（如apt、yum或zypper）定期检查并安装可用的系统更新。

配置防火墙：使用iptables或firewalld等工具配置防火墙以限制对服务器的访问。只允许必要的端口和服务对外部开放，并禁用其他未使用的端口。

禁用不安全的服务：检查服务器上运行的服务，并禁用不需要的或不安全的服务。只保留必要的服务，并确保它们都是最新的版本。

使用强密码：为服务器上的用户设置强密码。使用包含大写字母、小写字母、数字和特殊字符的复杂密码，并定期更改密码。

禁止root远程登录：禁用root用户的远程登录，改用普通用户登录服务器，并使用sudo命令来执行特权操作。

SSH安全设置：通过编辑sshd配置文件（通常位于/etc/ssh/sshd_config）来增强SSH安全性。禁用不安全的加密算法和SSH协议版本，并限制允许登录的用户。

使用密钥认证：使用公钥/私钥对进行SSH身份验证，代替密码认证。生成公钥/私钥对，并将公钥添加到服务器上的~/.ssh/authorized_keys文件中。

定期备份：定期备份服务器上的重要数据和配置文件。可以使用rsync、tar或其他备份工具。

日志监控：监控服务器的日志文件，以检测异常活动和潜在的安全威胁。使用工具如logwatch、fail2ban或ossec来自动分析和报告日志。

定期审计：定期审核服务器上的用户和权限，确保只有合法的用户具有适当的权限。删除不再需要的用户和访问权限。

这些是保护Linux服务器的一些基本方法，还可以根据具体需求和系统配置采取其他安全措施。