以下是一些使用命令行工具来提升Linux服务器安全的方法：

使用防火墙工具：iptables是一个常用的防火墙管理工具，可以通过命令行配置和管理服务器的入站和出站连接。可以限制特定的IP地址、端口和协议，以及防止恶意流量的传入。

定期更新系统和软件包：使用命令行工具，如apt、yum或zypper等，定期更新服务器上的操作系统和软件包，以修复已知的漏洞和安全问题。同时，可以设置自动更新以确保系统及时更新。

使用安全套接字层（SSL）和传输层安全（TLS）：使用命令行工具，如openssl，生成和管理SSL/TLS证书，以确保通过Internet的数据传输安全。可以通过配置Web服务器、电子邮件服务器等来启用SSL/TLS。

配置安全登录：通过命令行工具，如ssh，配置安全登录选项，如禁用root用户登录、使用公钥身份验证、限制登录IP地址等。可以使用ssh-keygen生成和管理SSH密钥对。

监控和审计日志：使用命令行工具，如rsyslog或syslog-ng，配置服务器以记录系统和应用程序日志。可以使用工具，如logwatch或fail2ban，监控和分析日志，检测潜在的安全问题和入侵行为。

加密敏感数据：使用命令行工具，如GnuPG，加密和解密敏感数据，如备份文件、数据库文件等。可以使用非对称加密算法，如RSA，保护数据的机密性。

定期备份数据：使用命令行工具，如rsync、tar或scp等，定期进行数据备份，并将备份文件存储在离线位置。备份数据可以帮助恢复数据，以防止数据丢失或受到损坏。

管理访问权限：使用命令行工具，如chmod和chown，设置文件和目录的访问权限，以限制对敏感文件和目录的访问。可以使用访问控制列表（ACL）来更细粒度地管理访问权限。

使用入侵检测系统（IDS）和入侵预防系统（IPS）：使用命令行工具，如Snort或Suricata，配置和管理IDS/IPS来检测和阻止网络上的入侵行为。可以使用规则和签名来识别和阻止已知的攻击。

定期进行安全审计：使用命令行工具，如OpenVAS或Nessus，定期进行服务器安全审核，并识别潜在的安全问题和漏洞。可以使用脚本和工具来自动进行安全扫描和审计。

以上是一些利用命令行工具提升Linux服务器安全的方法。根据实际需求和环境，可以选择适当的工具和配置来增强服务器的安全性。