以下是一些使用命令行工具来增强Linux服务器安全的最佳实践：

使用防火墙：使用iptables或ufw等工具配置防火墙规则，限制进入和离开服务器的网络流量。

更新系统：定期更新操作系统和软件包，以获取最新的安全修复和功能改进。

禁用不必要的服务：通过检查并禁用不必要的服务和进程来减少攻击面。

使用强密码和多因素身份验证：确保所有用户都使用强密码，并启用多因素身份验证来增加登录的安全性。

监控日志：监视系统日志，并定期审查以识别潜在的安全问题和入侵行为。

使用SSH密钥进行远程登录：使用SSH密钥对进行远程登录，而不是仅依赖密码。

定期备份数据：定期备份服务器数据，以便在发生数据丢失或损坏时能够快速恢复。

使用加密传输：使用SSL / TLS等加密协议来保护服务器和客户端之间的通信。

安全地配置SSH：禁用SSH的root登录，限制登录尝试次数，并使用非标准端口等措施来增强SSH的安全性。

定期扫描漏洞：使用工具如OpenVAS或Nessus来扫描服务器，以检测潜在的漏洞和安全问题。

需要注意的是，这些最佳实践只是一些基本的安全措施，你还可以根据具体的服务器需求和威胁模型采取其他更高级的措施来增强安全性。