清理Linux虚拟机磁盘的方法有以下几种：

删除不需要的文件：使用rm命令删除不再需要的文件或文件夹。例如，rm file.txt将删除名为file.txt的文件。

清理临时文件：使用tmpwatch或tmpreaper等工具清理临时文件夹。这些工具可以自动删除一段时间内未使用的临时文件。

清理软件包缓存：使用apt-get或yum命令清理软件包缓存。在Ubuntu系统上，可以使用sudo apt-get clean命令清理缓存。在CentOS系统上，可以使用sudo yum clean all命令清理缓存。

清理日志文件：使用logrotate命令清理日志文件。该命令可以按照时间或大小来轮转、压缩和删除日志文件。

清理旧内核：如果系统上安装了多个内核版本，可以使用apt-get或yum命令删除旧的内核版本。在Ubuntu系统上，可以使用sudo apt-get autoremove命令清理旧内核。在CentOS系统上，可以使用sudo package-cleanup --oldkernels命令清理旧内核。

清理回收站：在Linux系统中，删除文件时通常会将其移动到回收站。可以使用rm命令删除回收站中的文件。例如，rm -rf ~/.local/share/Trash/*将清空回收站。

请注意，在清理磁盘空间之前，请确保您不再需要这些文件，并小心避免删除系统关键文件。