如果在SQL Server中运行SQL文件时出现乱码问题，可能是因为SQL文件的编码格式不正确导致的。通常情况下，SQL Server默认使用UTF-8编码格式，因此应该确保SQL文件也是以UTF-8编码保存的。

解决方法如下：

使用文本编辑器打开SQL文件，确保文件编码格式是UTF-8。可以尝试在文本编辑器中设置编码格式为UTF-8，并重新保存文件。

在运行SQL文件之前，可以在SQL Server Management Studio中打开文件并查看内容，以确保文件内容显示正常。

如果文件编码格式正确但仍然出现乱码问题，可以尝试使用SQL Server Management Studio的导入功能来导入SQL文件。

可以尝试使用命令行工具如sqlcmd来运行SQL文件，也许能够避免乱码问题。

通过上述方法中的一种或多种，您应该能够解决SQL文件乱码问题，并成功在SQL Server中运行SQL文件。