要清除VPS上的所有文件，您可以采取以下几种方法之一：
1. 格式化操作系统：重新安装操作系统并格式化磁盘，这将清除所有数据和文件。
2. 使用命令行：登录到VPS并以管理员权限运行以下命令来删除所有文件：
- 对于Linux系统：使用命令`rm -rf /`来递归地删除所有文件和目录。
- 对于Windows系统：使用命令`del /F /S /Q *.*`来删除所有文件。
3. 使用文件管理器：如果您使用VPS提供商提供的Web界面或远程桌面连接，您可以使用文件管理器删除所有文件。打开文件管理器，选择根目录（例如/或C:\），右键单击并选择删除。请注意这可能需要一些时间，因为它会递归地删除所有文件和目录。
无论哪种方法，务必谨慎操作，确保您不会误删除重要文件或数据。在执行任何操作之前，建议备份重要文件和数据。