清理VPS磁盘的方法有以下几种：
1. 删除不需要的文件：检查并删除不再需要的文件、日志、备份等，可以使用命令行工具如rm、find等。
2. 清理临时文件：清理临时文件夹中的文件，可以使用命令行工具如rm、find等，也可以使用系统工具如BleachBit等。
3. 压缩文件：对较大的文件或文件夹进行压缩，以释放磁盘空间。可以使用命令行工具如tar、zip等。
4. 清理缓存：清理各种应用程序和系统缓存，可以使用命令行工具如apt-get clean、yum clean等。
5. 移动文件：将文件移动到其他存储设备或云存储中，以释放磁盘空间。
6. 调整日志文件大小：对于较大的日志文件，可以调整其大小或删除旧的日志文件，以释放磁盘空间。
7. 定期清理：定期进行磁盘清理，以保持磁盘空间的可用性。
请注意，在进行磁盘清理时，务必谨慎操作，避免删除重要文件或配置。建议在执行任何磁盘清理操作之前，先备份重要文件。