在Linux系统中，进行MySQL故障排查需要使用一些命令行工具，以下是一些常用的命令：

mysql 命令：这是MySQL自带的命令行客户端，可以用来登录和管理MySQL服务器。

用法示例：

mysql -u 用户名 -p

show processlist 命令：这个命令可以显示当前MySQL服务器上的所有连接信息，包括连接ID、用户、主机、数据库、命令、时间以及状态等。

用法示例：

show processlist;

explain 命令：这个命令用于查看SQL语句的执行计划，可以帮助你分析SQL语句的性能问题。

用法示例：

explain select * from table_name;

show full processlist 命令：这个命令与show processlist类似，但会显示所有连接的详细信息，包括命令列中的详细命令文本。

用法示例：

show full processlist;

mysqladmin 命令：这是一个用于管理MySQL服务器的命令行工具，可以用来执行诸如创建、删除数据库，查看服务器状态等操作。

用法示例：

mysqladmin -u 用户名 -p status

tail -f /var/log/mysql/error.log 命令：这个命令用于实时查看MySQL的错误日志文件，可以帮助你发现潜在的问题。

用法示例：

tail -f /var/log/mysql/error.log

mysqldumpslow 命令：这个命令用于查看慢查询日志中的SQL语句，可以帮助你找到执行缓慢的SQL语句并进行优化。

用法示例：

mysqldumpslow -s c -t 10 /var/log/mysql/slow.log

在进行故障排查时，请根据具体情况选择合适的命令，并结合其他日志文件（如应用程序日志、系统日志等）进行综合分析。