在MyBatis中实现三层嵌套结果集可以通过使用association和collection标签来定义关联关系。具体步骤如下：

在Mapper.xml文件中，定义结果集映射关系。例如：

<resultMap id="userResultMap" type="User"><id property="id" column="id"/><result property="username" column="username"/><result property="password" column="password"/><association property="department" column="department_id" javaType="Department" select="findDepartmentById"/></resultMap><resultMap id="departmentResultMap" type="Department"><id property="id" column="id"/><result property="name" column="name"/><collection property="users" ofType="User" resultMap="userResultMap"/></resultMap>

在User类和Department类中定义相应的属性和对应的getter和setter方法。

在Mapper接口中定义查询方法，如findDepartmentById，该方法用于查询部门信息。

在Mapper.xml文件中，定义查询部门信息的SQL语句和映射关系，如：

<select id="findDepartmentById" parameterType="int" resultType="Department">SELECT * FROM department WHERE id = #{id}</select>

在需要查询三层嵌套结果集的地方调用上述查询方法，例如：

<select id="findAllDepartments" resultMap="departmentResultMap">SELECT * FROM department</select>

这样就可以实现三层嵌套结果集的查询。当查询部门信息时，会自动查询部门下的所有用户信息，并且将用户信息封装到部门对象中。