在MATLAB中，脚本文件和函数文件都是用来存储一系列MATLAB命令的文件，但它们有一些区别：

脚本文件是一系列按顺序执行的MATLAB命令的集合，通常用于执行一系列操作或计算，例如数据处理、绘图等。脚本文件一般没有输入参数和输出参数，只需运行即可按顺序执行其中的命令。

函数文件是用来实现特定功能的MATLAB代码块，通常包含输入参数和输出参数。函数文件需要在调用时传入参数，并返回一个或多个结果。函数文件可以被其他脚本文件或函数文件调用，在其中封装了特定的功能，有利于代码的复用和模块化设计。