Hibernate和MyBatis都是Java持久层框架，但它们在设计理念和工作方式上有很大的不同。

Hibernate是一个全自动的ORM框架，它负责数据库和Java对象之间的映射，开发人员只需要定义好实体类和数据库表的映射关系，Hibernate会自动完成一切数据库操作。Hibernate提供了丰富的查询语言HQL和Criteria API，可以方便地实现复杂的查询。

MyBatis是一个半自动的ORM框架，它提供了映射文件（XML）和注解两种方式来定义SQL语句和结果映射规则。开发人员需要手动编写SQL语句，但是可以更灵活地控制SQL的编写和执行过程。MyBatis相对于Hibernate更加轻量级，适合对SQL语句有特殊要求的项目。

因此，Hibernate适用于简单的CRUD操作和复杂查询场景，而MyBatis适用于对SQL语句有特殊要求或需要定制化操作的项目。选择使用哪个框架取决于项目的需求和开发者的偏好。