Java程序在多次删除数据操作后查询变慢的问题可能是由于数据库索引失效或数据量增大导致的。以下是一些可能的解决方法：

优化数据库索引：确保数据库表上的索引是正确设置并且是最优化的，可以使用数据库性能分析工具来查看索引的使用情况，如果发现索引失效或需要优化，及时调整索引。

批量删除操作：尽量避免频繁进行单条记录删除操作，可以考虑将需要删除的数据批量处理，减少数据库的IO开销和资源消耗。

定期清理数据：定期清理不需要的数据或者对数据进行归档，保持数据库表的数据量在一个合理的范围内，避免数据量过大导致查询性能下降。

使用缓存：对于一些查询频繁的数据，可以考虑使用缓存技术，减少对数据库的查询请求，提高查询性能。

数据库优化：对数据库的配置进行优化，例如调整数据库连接池的配置、调整数据库缓存大小等，提高数据库的查询性能。

通过以上方法对Java程序多次删除数据查询变慢的问题进行解决，可以有效提高程序的性能和响应速度。