在ASP.NET中使用MongoDB时，可以通过以下方法优化查询：

使用索引：确保为搜索的属性创建索引。这将帮助MongoDB更快地查找和检索数据。在MongoDB中，您可以使用createIndex()方法创建索引。

查询投影：只返回所需的字段，而不是整个文档。这可以减少网络传输的数据量，从而提高查询性能。在C#中，可以使用Projection参数来实现。

分页：避免一次性查询大量数据。相反，使用分页来逐步加载数据。在MongoDB中，可以使用Skip()和Limit()方法实现分页。

限制结果集：使用Find()方法的Count()参数来限制返回的结果数量。这将减少查询所需的时间和资源。

使用聚合管道：对于复杂的查询，可以使用聚合管道来处理和转换数据。这可以帮助您更有效地获取所需的信息。在C#中，可以使用Aggregate()方法实现。

避免使用FindAndModify()：尽量使用FindOneAndUpdate()或FindOneAndDelete()方法，因为它们通常比FindAndModify()更快。

优化查询条件：避免使用否定条件和正则表达式，因为它们可能会导致性能下降。如果可能，请使用更具体的查询条件。

使用缓存：对于不经常更改的数据，可以使用缓存来存储查询结果。这将减少对数据库的请求，从而提高性能。在ASP.NET中，可以使用内存缓存、分布式缓存（如Redis）或其他缓存解决方案。

优化数据模型：根据应用程序的需求调整数据模型。例如，将相关的数据存储在一个文档中，以减少查询时需要连接的文档数量。

监控和分析查询性能：使用MongoDB的查询分析工具（如explain()方法）来监控和分析查询性能。这将帮助您识别瓶颈并进行相应的优化。