怎么绘制SNP密度图

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脚本运行示例：

Rscriptsnp.density.map.R-isnp.vcf-nout-s1000000-c"darkgreen,yellow,red"

-i：跟输入文件，格式为vcf文件；

-n：设置输出文件名称前缀，文件输出到当前目录下；

-s：设置窗口大小；

-c：设置颜色梯度，可以设置一到多种颜色，建议设置两种或三种颜色，颜色间以 "," 分隔。

代码如下：

#北京组学生物科技有限公司#email:wangq@biomicssource("raw.githubusercontent/YinLiLin/CMplot/master/R/CMplot.r")library(getopt)#+--------------------#getoptions#+--------------------spec<-matrix(c('help','h',0,"logical","help",'binsize','s',1,"integer","thesizeofbinforSNP_densityplot,optional.",'color','c',1,"character","thecolourfortheSNPdensity,separatedby',',optional.",'name','n',1,"character","addacharactertotheoutputfilename,optional.",'input','i',1,"character","vcfinputfile,forced."),byrow=TRUE,ncol=5)opt<-getopt(spec)#+--------------------#checkoptions#+--------------------if(!is.null(opt$help)|is.null(opt$input)){cat(getopt(spec,usage=TRUE))q(status=1)}if(is.null(opt$binsize)){opt$binsize=1e6}if(is.null(opt$color)){opt$color="yellow,red"}if(is.null(opt$name)){opt$name="Fig1"}#data(pig60K)data<-read.table(opt$input,&nbspment.char="#",header=F,blank.lines.skip=T)num<-dim(data)[1]name<-paste("A",1:num,sep="")snp<-data.frame(name,data[1],data[2])colnames(snp)=c("SNP","Chromosome","Position")color<-unlist(strsplit(opt$color,split=","))CMplot(snp,plot.type="d",bin.size=opt$binsize,col=color,xlab="SNP",file="jpg",dpi=300,memo=opt$name,file.output=TRUE,verbose=TRUE)CMplot(snp,plot.type="d",bin.size=opt$binsize,col=color,file="pdf",memo=opt$name,file.output=TRUE,verbose=TRUE)

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